Juan venía teniendo sus chances en la selección paraguaya y en el último combo disputado fue uno de los mejorcitos que tuvo la Albirroja, pese a caer ante las selecciones de Perú y Bolivia respectivamente.
El expelotero del Porto, River Plate, Hellas Verona y Roma de Italia, además del Bournemouth de Inglaterra, debutó en la Primera División de nuestro fútbol el 28 de junio de 2009 con tan solo 16 años de edad, en la fecha 21 del Torneo Apertura ante el elenco de Libertad.
Fue campeón con el Ciclón en ese torneo, dirigido por el argentino Pedro Troglio y en el que llegó a disputar 4 compromisos, donde no llegó a marcar ningún tanto.
Otros títulos que consiguió fueron con el equipo del Porto, ganando la “Primeira Liga” en la temporada 2011/2012 y también la Supercopa de Portugal en ese mismo año.