En esta etapa, los 24 equipos equipos clasificados de la UFI, Primera C y Primera B se cruzarán con los 16 clubes de la División Intermedia. De esta etapa, 20 equipos son los que pasarán a la tercera fase donde se medirán con los clubes de la División de Honor.
Estos son los emparejamientos: Sol de Mayo de San Roque González-Sportivo Iteño, Atlético Obreros Unidos de Hernandarias-2 de Mayo PJC, Sport Colonial-Pastoreo FC y 1º de Marzo (Fernando de la Mora)-Fernando de la Mora.
Fulgencio Yegros (Ñemby)-Deportivo Santaní, Olimpia de Itá-Spotivo San Lorenzo, General Caballero CG-Luqueño, 29 de Septiembre de Luque-Deportivo Obrero de Capitán Bado, 24 de Septiembre de Areguá-Atlético Colegiales, Sport Primavera de Curuguaty-Nacional de Yby Yaú.
Sport Colombia-Independiente de Campo Grande, Benjamín Aceval de Villa Hayes-Atyrá FC, Valois Rivarola-Rubio Ñu, Tembetary-Guaraní de Trinidad, 15 de Agosto de Benjamín Aceval-Trinidense y Recoleta-Cristóbal Colón (JAS).
Deportivo Juventud (San Cosme y Damián)-3 de Febrero de Ciudad del Este, 15 de Agosto de Santiago-River Plate, Deportivo Capiatá-Martín Ledesma y 8 de Septiembre de Areguá-General Caballero ZC.