Entre las modificaciones incluidas a propuesta del Ejecutivo se destaca que: quedan excluidos expresamente del alcance de la presente ley los organismos internacionales, las agencias especializadas internacionales, las entidades u organizaciones de carácter multilateral, los partidos y movimientos políticos, las iglesias y confesiones religiosas. También se encontrarán excluidos expresamente del alcance de la presente ley, salvo que, administren y/o inviertan fondos públicos, nacionales o internacionales, las organizaciones de carácter estrictamente deportivo no profesional, los sindicatos y asociaciones de trabajadores, las organizaciones campesinas y estudiantiles, las comisiones vecinales y juntas de saneamiento ambiental.
La sanción económica a los directivos de las ONG será eliminada, pero se mantendrán el apercibimiento por escrito y, en caso de reincidencia, cinco años de inhabilitación para administrar o gerencias una ONG. Esto, en relación a las personas físicas, según reveló el diputado Alejando Aguilera.
En tanto, para personas jurídicas, también se mantendría como primera medida el apercibimiento por escrito y, de existir reincidencia, una suspensión al organismo infractor por un plazo de hasta seis meses.
El proyecto le dedica un artículo exclusivo a la transparencia y estipula la exigencia de registrar detalladamente el uso y destino de los fondos que reciban con sus correspondientes facturas. Ahora vuelve de nuevo al Senado y, de obtener la aprobación, ya quedará en manos del Ejecutivo.