Carlos Amarilla fue durante muchos años el referí más importante del fútbol paraguayo, siendo normalmente el que siempre era designado en los partidos más importantes como los clásicos entre Cerro Porteño y Olimpia o algún choque decisivo que eventualmente podría definir el título.
Amarilla llegó incluso a ser uno de los árbitros más reconocidos de Sudamérica, llegando a ser designado para arbitrar, por ejemplo, la final de la Copa América de Perú en 2004, en la cual chocaban nada más y nada menos que Brasil y Argentina.
No obstante, más que por su buen trabajo dirigiendo los distintos partidos que le tocaba arbitrar, Carlos sobre todo se hizo conocido por su carácter, el cual tendía a ser bastante polémico debido a que trataba a los jugadores y a todos los planteles de maneras que muchos consideraban prepotentes.
Al parecer, las viejas costumbres nunca se olvidan, ya que en pasados días se conoció un vídeo en el cual se ve a Amarilla arbitrando, ya fuera de la alta competencia, en un choque del Interligas entre dos equipos del Departamento de Cordillera, siendo estos Atyrá y Caacupé.
En el vídeo se ve como el referí tiene dos momentos en los cuales empuja a un jugador de manera brusca para separar una discusión, y posteriormente golpea a otro con su cabeza mientras le saca una tarjeta amarilla. Esto despertó cierta polémica en las redes sociales.